Merawat dan membersihkan area ruang bersih di pabrik farmasi yang steril secara rutin sangatlah penting. Area tersebut harus dibersihkan sesuai dengan jadwal yang telah ditetapkan dalam prosedur operasi standar.
Jika sanitasi dilakukan dengan disinfektan, sebaiknya digunakan lebih dari satu jenis disinfektan. Hal ini karena ada beberapa organisme yang disebut resisten, yang mungkin tidak dapat dibasmi dengan satu jenis disinfektan saja.
Prosedur untuk sanitasi ruang bersih perlu dikembangkan untuk mengidentifikasi organisme resisten tersebut, sehingga dapat digunakan disinfektan yang efektif. Selain itu, prosedur sanitasi dan jenis disinfektan yang digunakan harus melalui proses validasi. Jika peralatan disanitasi dengan disinfektan, validasi pembersihan juga diperlukan untuk memastikan disinfektan tersebut benar-benar hilang dari peralatan setelah dibersihkan.
Area produksi steril Kelas A dan Kelas B harus disanitasi menggunakan disinfektan dan deterjen steril. Umumnya, disinfektan disterilkan dengan penyaringan melalui filter membran berukuran 0,2 µ dalam kondisi steril. Durasi penyimpanan disinfektan yang sudah diencerkan juga perlu divalidasi.
Penggunaan berbagai jenis disinfektan secara bergilir diperlukan untuk efektivitas yang maksimal. Disinfektan yang digunakan harus mencakup kemampuan sporisidal, karena sebagian besar disinfektan tidak memiliki aktivitas sporisidal, dan efektivitasnya harus divalidasi.
Fumigasi pada area steril merupakan metode yang bermanfaat untuk membersihkan udara di area tersebut dan mengurangi kontaminasi mikroba. Durasi fumigasi perlu divalidasi untuk hasil yang optimal. Sebelum area digunakan kembali, proses defumigasi harus dilakukan dengan benar. Hidrogen peroksida yang dicampur dengan perak klorida sering digunakan dalam alat fogger untuk fumigasi area terkontrol, dan produk ini tersedia di pasar dengan berbagai nama merek.